Dans le cadre de projets pédagogiques adaptés, l'Écolothèque accueille des groupes d’adultes ou d'enfants en situation de handicap et des enfants de crèches. Elle met à disposition un domaine agricole à vocation pédagogique de 4 hectares (animaux de la ferme, jardins, serres), une médiathèque et des outils pédagogiques adaptés. Les responsables d'établissements situés sur le territoire de Montpellier Méditerranée Métropole doivent soumettre un projet d'activités autour des animaux et des jardins. Les objectifs sont variés : découvrir la ferme et la nature, se retrouver dans un ailleurs, augmenter les facultés de concentration et d’attention, gérer les émotions et l'impulsivité, favoriser l’estime de soi et le sens des responsabilités, renforcer les apprentissages, respecter les consignes, éveiller les sens. Des groupes proposent des ateliers (vannerie, poterie, peinture sur verre) aux enfants de l'Accueil de loisirs...

Pour mettre en place ou renouveler une convention, il est nécessaire de déposer une demande à l'Écolothèque à l'attention du président de la Métropole de juin à juillet pour toute l'année scolaire suivante d'octobre à juin. Une fiche de renseignements est demandée ainsi que le projet pédagogique qui guide la démarche. La participation annuelle forfaitaire 2023-2024 s'élève à 188 €.

Des Ateliers pédagogiques sont proposés aux éducatrices, éducateurs et aux assistantes, assistants maternels fréquentant l’Écolothèque. Le but est d’apporter des connaissances sur les thématiques d’EEDD (Éducation à l’Environnement et au Développement Durable) et des techniques concrètes d’animation pour être en autonomie en toute sécurité. Apports théoriques et activités pratiques s’organisent sur des sessions de 3h et s’appuient sur les ressources de la pédagothèque en ligne et de la médiathèque. Ces ateliers programmés sur une journée sont proposés deux fois par an. Les encadrants des groupes s’approprient ainsi le domaine, ses règles de sécurité et les activités saisonnières avec les animaux et au jardin.